Video iniziale - Nel video iniziale vediamo Reshiram e Zekrom nella Battle Royal, assieme ad altri Pokémon, che nonstante siano giocattoli, rivelano una grande vitalità.

Il titolo comincia con il tuo Mii che darà la carica ad un Pikachu, cioè il nostro "starter".

Nel primo dungeon, chiamato Giardino dell'Inizio, sarà necessario affrontare gli starter e le scimmiette elementali. Il gioco farà in modo che tu ottenga Snivy, Tepig, Oshawott e incredibilmente anche Victini.

Il primo boss sarà Zekrom, che ovviamente sarà troppo forte per il tuo livello, così lo stage collasserà e Pikachu finirà in un nuovo luogo, ossia la Toy Town.

In questa città di giocattoli troverai una zona lucente che ti rimetterà in sesto. Nella città ci saranno Mr.Mime, Pawniard, Lillupup, Pidove, Scraggy e Axew. Come nella versione Wii sarà possibile liberare i Pokémon. Un distribuore di mosse ti insegnerà gigaimpatto al costo di 100.000P, mentre un distributore più "generale" insegnerà una mossa a caso, ma sempre a pagamento.

Si può anche ritornare nel mondo dei Mii, dove è possibile scambiare e lottare con i Pokémon giocattolo. Premendo Start si può tornare a Toy Town in qualsiasi momento.